En 1992 se produce la reestructuración del sector eléctrico con la promulgación de la Ley de Concesiones Eléctricas, Decreto Ley Nº 25844, la cual entre otras reformas importantes (separación de las actividades de generación, transmisión y distribución, creación de un mercado libre y un mercado regulado, régimen de concesiones, etc.) dispone la creación de un organismo técnico sin fines de lucro denominado Comité de Operación Económica del Sistema - COES donde existan sistemas interconectados, fijando como misión de este organismo técnico la de coordinar la operación de las centrales de generación eléctrica y de los sistemas de transmisión eléctrica al mínimo costo, garantizando la seguridad del abastecimiento de energía eléctrica y el mejor aprovechamiento de los recursos energéticos.
El primer COES, se funda el 17 de agosto de 1993 para el Sistema Interconectado Centro Norte (SICN), reuniendo a las empresas de generación y transmisión que en ese entonces estaban integradas a dicho sistema, teniendo el nombre de COES-SICN. Habiendo adoptado inicialmente la forma de asociación civil sin fines de lucro, fue redefinida posteriormente como persona jurídica de derecho público interno, al obedecer su creación al mandato de la Ley de Concesiones Eléctricas y regirse por el Reglamento de dicha Ley, el que fuera aprobado por Decreto Supremo Nº 009-93-EM, iniciando sus operaciones como tal el 1 de enero de 1995. Paralelamente, en el Sistema Interconectado Sur (SIS) se constituyó el COES-SUR el 9 de octubre de 1995.
En octubre de 2000, al producirse la interconexión del SICN con el SIS debido a la entrada en operación de la Línea de Transmisión Mantaro Socabaya, el COES-SICN incorporó a las empresas integrantes del COES-SUR , así como a las empresas de transmisión Consorcio Transmantaro S.A. y Red Eléctrica del Sur S.A. En cumplimiento del Artículo 2° del Decreto Supremo N° 011-2001-EM, que modifica el Reglamento de la Ley de Concesiones Eléctricas, el COES-SICN modifica su Estatuto y cambia su denominación a Comité de Operación Económica del Sistema Interconectado Nacional COES-SINAC, quedando constituido como el COES del Sistema Eléctrico Interconectado Nacional.
Posteriormente, el 5 de setiembre de 2002, se incorporó al COES-SINAC la empresa Red de Energía del Perú S. A. - REP, al asumir las concesiones que correspondían a Empresa de Transmisión Eléctrica Centro Norte S. A. - ETECEN y Empresa de Transmisión Eléctrica del Sur S, A. ETESUR, como consecuencia de la suscripción con el Estado Peruano del respectivo Contrato de Concesión de Sistemas de Transmisión Eléctrica y dejan de ser integrantes las empresas ETECEN y ETESUR. Asimismo, el 22 de setiembre de 2002, se incorporó la empresa Interconexión Eléctrica ISA Perú S. A. ISA.
En el año 2006 la Ley Nº 28832, Ley Para Asegurar el Desarrollo Eficiente de la Generación Eléctrica, introdujo cambios importantes en la organización del COES. Se estableció la incorporación como Integrantes de la Asamblea de las empresas distribuidoras de electricidad y los usuarios libres conectados al SEIN, asimismo se dispuso una nueva conformación de del Directorio, y la creación de la Dirección Ejecutiva como principal órgano de gerencia y administración del COES.
La Asamblea está conformada por los Integrantes Registrados, agrupados en 4 subcomités: de Generadores, de Distribuidores, de Transmisores y de Usuarios Libres; mientras que el Directorio está integrado por 5 miembros, de los cuales 4 son elegidos por cada subcomité y el Presidente lo elige la Asamblea.
Estos cambios se concretaron en el año 2008, tras la publicación del Decreto Supremo Nº 027-2008-EM, Reglamento del Comité de Operación Económica del Sistema (COES), procediéndose a la adecuación del COES a su nueva organización, con la aprobación de modificaciones a su Estatuto y la elección del nuevo Directorio.
Actualmente conforman el COES 16 Generadores, 7 Transmisores, 10 Distribuidores y 36 Usuarios Libres.
